ที่รัฐสภา ในการประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) ได้พิจารณาร่าง พ.ร.บ.มหาวิทยาลัย มหิดล พ.ศ...ซึ่งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาเสร็จแล้วโดย นายวัลลภ ตังคณานุรักษ์ สนช.ได้อภิปรายท้วงติงในมาตรา 4 ที่มีการตัด สภาวิชาการ ออกไปว่า
งานด้านวิชาการของมหาวิทยาลัยมหิดลมีความโดดเด่นที่สุดถือเป็นงานหลักที่น่าจะคงไว้ หากตัดออกไปจะทำให้เกิดผลกระทบรวมทั้งจะเป็นบรรทัดฐานในการตัดองค์ประกอบดังกล่าวของมหาวิทยาลัยอื่นด้วย
นอกจากนี้ ในมาตรา 16/1 ซึ่งระบุให้มหาวิทยาลัยต้องส่งเสริมและสนับสนุนนักศึกษาที่ขาดแคลนทุนทรัพย์ให้มีโอกาสเรียนจนจบถือว่าเป็นการรับรองสิทธิพิเศษให้นักศึกษาที่ยากจน แต่อยากตั้งข้อสังเกตว่าไม่มีการกำหนดในเรื่องหลักประกันไม่ให้มหาวิทยาลัยขึ้นค่าหน่วยกิตแบบมหาโหดหากทำเรื่องให้ชัดเจนเชื่อว่าการพิจารณาร่าง พ.ร.บ.มหาวิทยาลัยบูรพาที่มีนักศึกษาต่อต้านเนื่องจากห่วงการขึ้นค่าหน่วยกิตจะผ่านไปอย่างราบรื่น
นายวิจิตร ศรีสอ้าน รมว.ศึกษาธิการ ในฐานะประธานคณะกรรมาธิการชี้แจงว่า การพิจารณาร่าง พ.ร.บ.ของแต่ละมหาวิทยาลัยไม่จำเป็นต้องมีโครงสร้างแบบเดียวกันซึ่งมหาวิทยาลัยมหิดลเลือกที่จะไม่มีสภาวิชาการและที่ผ่านมามหาวิทยาลัยส่วนใหญ่ไม่ได้มีสภาวิชาการอยู่แล้ว
ส่วนการขึ้นค่าหน่วยกิตเป็นอำนาจของสภามหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นมาอย่างต่อเนื่องไม่ว่าจะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับหรือเป็นส่วนราชการโดยต้องดูความสมเหตุสมผล ถ้ารัฐบาลเห็นว่าขึ้นเกินสมควรไม่สอดคล้องกับนโยบายก็สามารถใช้อำนาจตามมาตรา 55 ยับยั้งได้ อย่างไรก็ตามที่ผ่านมามหาวิทยาลัยในกำกับ 6 แห่ง ไม่ได้กำหนดค่าหน่วยกิตที่แพงแต่มีมหาวิทยาลัยที่เป็นส่วนราชการกลับกำหนดค่าหน่วยกิตแพงกว่าด้วยซ้ำ
